Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam IX đã bầu ra Ban Chấp hành Trung ương gồm 150 ủy viên chính thức. Ban Chấp hành Trung ương đã bầu ra Bộ Chính trị gồm 15 ủy viên chính thức. Đại hội lần này đã hủy bỏ chức danh Cố vấn Ban Chấp hành Trung ương.

Ủy viên Bộ Chính trị

Nông Đức Mạnh (Tổng Bí thư)

Trần Đức Lương

Phan Văn Khải

Nguyễn Minh Triết

Nguyễn Tấn Dũng

Lê Minh Hương (mất năm 2004)

Nguyễn Phú Trọng

Phan Diễn

Lê Hồng Anh

Trương Tấn Sang

Phạm Văn Trà

Nguyễn Văn An

Trương Quang Được

Trần Đình Hoan

Nguyễn Khoa Điềm.

Ban Bí thư

Ban Bí thư khóa IX có 9 ủy viên, trong đó 4 ủy viên do Hội nghị lần thứ nhất Ban Chấp hành Trung ương bầu ra, 5 ủy viên do Bộ Chính trị chỉ định sau.

Lê Văn Dũng

Tòng Thị Phóng

Trương Vĩnh Trọng

Vũ Khoan

Nông Đức Mạnh (Tổng Bí thư)

Lê Hồng Anh (đến 1/2003)

Nguyễn Văn An (đến năm 2001)

Trần Đình Hoan (Thường trực Ban Bí thư đến 7/2001)

Nguyễn Khoa Điềm

Phan Diễn (bổ sung từ 1/2002, làm Thường trực Ban Bí thư)

Nguyễn Văn Chi (bổ sung từ 21 tháng 1 năm 2003)

Ủy ban Kiểm tra Trung ương

Lê Hồng Anh (Chủ nhiệm)

Nguyễn Thị Doan

Mai Văn Năm

Phạm Thị Hải Chuyền

Hoàng Kim Sơn

Đặng Ngọc Thanh

Vũ Quốc Hùng

Phạm Chí Hòa

Nguyễn Văn Thám

Các Hội nghị Trung ương

Các ban Đảng Trung ương

Đảng bộ trực thuộc Trung ương

Các Đảng bộ được tình từ đại hội đảng bộ

Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương